Đầu tiên là các đội tham dự giải đấu này chủ yếu duy trì phong trào, chờ thời điểm thăng hạng khi đang gặp những khó khăn về tài chính. Hầu hết đều sử dụng cầu thủ ở độ tuổi U21. Cũng chính việc phục vụ cho phong trào là chính, nên sự chuẩn bị có những lúc không thể bằng các địa phương đang có đội chuyên nghiệp.
Thiếu sân thi đấu cũng là điều thường gặp ở những địa phương vốn chưa có đội tham dự giải bóng đá hạng Nhất, hạng Nhì hay thấp hơn nữa. Ở những vòng đầu, lịch thi đấu trùng với thời điểm diễn ra Đại hội TDTT nên nhiều đội đề nghị điều chỉnh lịch thi đấu. Như ở bảng B có 7 đội thì đến 4 đội đề nghị điều chỉnh, chuyển sân nhà sang sân khách ở những vòng đầu tại buổi họp bốc thăm. Điều đó đã gây khó cho Ban tổ chức giải.
Chính vì thế mà Ban tổ chức đã đề nghị các đội chủ động thương thảo với nhau và buổi bốc thăm vẫn tiến hành theo lịch để kịp tiến độ tổ chức. Bên cạnh đó, cũng có ý kiến đề nghị không có đội xuống hạng cũng đã gây tranh luận. Đến trước ngày khai mạc, BTC giải đã sửa điều lệ và không có đội xuống hạng.
Giải hạng Nhì được xem là cơ hội để các đội trui rèn cầu thủ trẻ Tham dự giải năm nay gồm 13 đội được chia vào 2 bảng theo địa lý, gồm: Phù Đổng FC, CLB Phố Hiến (VPF chuyển giao), Nam Định, Lâm Đồng, Kon Tum, Bình Thuận, Khánh Hòa (Cà Mau chuyển giao) – bảng A; Bà Rịa-Vũng Tàu, Long An, Tiền Giang, Bến Tre, Vĩnh Long và An Giang – bảng B.
Các đội thi đấu vòng tròn 2 lượt trên sân nhà, sân khách. Hai đội đứng đầu mỗi bảng tham dự Vòng chung kết. Ở Vòng chung kết, hai đội thắng trận bán kết sẽ giành vé thăng hạng Nhất năm 2019, hai đội thua sẽ đá trận quyết định để tranh vé thăng hạng thứ 3. Hai đội xếp cuối mỗi bảng sẽ so điểm, chỉ số phụ, đội nào có thành tích thấp nhất sẽ xuống hạng.
Lịch thi đấu ngày 25-4:
Bảng A: Bình Thuận - Lâm Đồng, Kon Tum - Khánh Hòa, Phố Hiến - Nam Định
Bảng B: Tiền Giang - Vĩnh Long, Long An - Bến Tre
Bảng A: Bình Thuận - Lâm Đồng, Kon Tum - Khánh Hòa, Phố Hiến - Nam Định
Bảng B: Tiền Giang - Vĩnh Long, Long An - Bến Tre
