Buổi lễ bốc thăm được tiến hành qua hình thức trực tuyến. Theo đó, vòng loại giải bóng đá Vô địch U19 quốc gia 2025-2026 có sự tham dự của 27 đội bóng thuộc các CLB bóng đá chuyên nghiệp, ngoài chuyên nghiệp, trung tâm huấn luyện, trường năng khiếu.
Theo điều lệ giải, các đội được bốc thăm chia vào 5 bảng đấu, thi đấu vòng tròn hai lượt (đi – về) tại địa phương đăng cai, tính điểm xếp hạng ở mỗi bảng, chọn 5 đội xếp thứ Nhất, 5 đội xếp thứ Nhì và 1 đội xếp thứ Ba có thành tích tốt nhất ở 5 bảng vào VCK.
Các trận đấu tại vòng loại sẽ khởi tranh từ ngày 14-12-2025 đến 6-1-2026 tại các địa phương đăng cai. Vòng chung kết giải bóng đá Vô địch U19 quốc gia 2025-2026 sẽ diễn ra từ 14-1 đến 27-1-2026.
Kết quả bốc thăm như sau:
Bảng A (Thi đấu tại Trung tâm thể thao Viettel): Công an Hà Nội, Hoài Đức, Ninh Bình, PVF, Trung tâm Bóng đá Đào Hà và Viettel I.
Bảng B (Thi đấu tại sân PVF): Hà Nội, Luxury Hạ Long, Trẻ Phù Đổng, Viettel II, Trung tâm Thể thao II tỉnh Ninh Bình và PVF.
Bảng C (Thi đấu tại Gia Lai): Bê Tông 26 Gia Lai, Huế, Hà Tĩnh, Sông Lam Nghệ An và LPBank Hoàng Anh Gia Lai.
Bảng D (Thi đấu tại sân Thành Long – TPHCM): Đắk Lắk, Khánh Hòa, Sông Trà Quảng Ngãi, SHB Đà Nẵng và TPHCM.
Bảng E (Thi đấu tại sân Tân Hưng và sân Long Tâm – TPHCM): Đồng Nai, Đồng Tháp, Phước Bình Đồng Nai, Tây Ninh và Công an TPHCM.
