10 đội tham dự giai đoạn 2 gồm: Đương kim vô địch Thái Sơn Nam, Sahako, Sanvinest Sanatech Khánh Hòa, Kardiachain Sài Gòn FC, Đà Nẵng, Thái Sơn Bắc (tốp 6 tại mùa giải 2019). Cùng 4 đội vượt qua vòng loại gồm: Savinest Sanna Khánh Hòa, Quảng Nam, Vietfootball, Cao Bằng.
Theo kế hoạch, Giai đoạn 2 sẽ được tổ chức từ 14-6 đến 5-7-2020 tại Nhà thi đấu trường Đại học Nha Trang – Khánh Hòa (lượt đi) và từ 5-9 đến 26-9-2020 tại Nhà thi đấu Lãnh Binh Thăng- TPHCM (lượt về).
Các đội đã tề tựu về Nha Trang từ 2-3 ngày trước để chuẩn bị mọi thứ tốt nhất chờ ngày mùa giải nhập cuộc. Được đánh giá cao nhất vẫn là ĐKVĐ Thái Sơn Nam khi họ trở lại với đội hình mạnh nhất so với lực lượng đã tham dự Cúp Quốc gia vào cuối năm ngoái. Ngoài ra, Sahako và Kardiachain Sài Gòn FC cùng hai đội chủ nhà S.Sanna Khánh Hòa và S.Sanatech Khánh Hòa cũng không thể xem thường. Nhất là Sanatech Khánh Hòa có sự chuẩn bị tốt về lực lượng.
Lượt trận đầu tiên sẽ diễn ra trong hai ngày 14 và 15-6. Ngày 14-6 sẽ chứng kiến sự ra quân của hai đội chủ nhà với lịch thi đấu: Quảng Nam – Cao Bằng (13 giờ); Sanatech Khánh Hòa – Đà Nẵng và Sanna Khánh Hòa – Vietfootball. Ngày 15-6, Thái Sơn Bắc sẽ gặp đương kim Á quân Sahako vào lúc 16 giờ và trận đấu đáng xem nhất giữa Thái Sơn Nam và Kardiachain Sài Gòn FC diễn ra lúc 19 giờ.