Theo quyết định từ Bộ VH-TT-DL, E-sports có 8 phân môn với 10 nội dung được tổ chức, gồm: Liên minh huyền thoại (League of Legends - Wild Rift-Mobile 2 nội dung đồng đội nam và nữ); Liên quân Mobile (nội dung đồng đội); PUBG Mobile (cá nhân và đồng đội); Đấu trường sinh tồn (đồng đội); Liên minh huyền thoại (League of Legends-PC, đồng đội); Fifa Online 4 (PC, đồng đội); Đột kích (Crossfire-PC, đồng đội); Mobile Legends: Bang Bang (Mobile, đồng đội).
Theo đại diện của Hiệp hội Thể thao điện tử giải trí Việt Nam, tất cả các phân môn trong chương trình thi đấu tại SEA Games 31 đều đã được Bộ TT-TT cấp phép phát hành tại Việt Nam. Địa điểm thi đấu của E-sports được ấn định tại Trung tâm Hội nghị quốc gia Hà Nội.
Ban tổ chức SEA Games 31 cho biết, mặc dù một số công trình và hạng mục vẫn đang trong quá trình nâng cấp và sửa chữa, tuy nhiên việc bàn giao các địa điểm đăng cai chính ở Hà Nội cùng 11 tỉnh thành lân cận vẫn kịp tiến độ. Các địa điểm này sẽ hoạt động thử nghiệm để ban tổ chức đánh giá thông qua các giải thi đấu tiền SEA Games hoặc giải quốc gia từ nay đến tháng 10, như SVĐ Mỹ Đình (môn điền kinh), Cung Thể thao Quần Ngựa (môn thể dục, aerobic), Trung tâm Huấn luyện thể thao quốc gia Hà Nội (bắn súng, bắn cung), đường đua Hòa Bình (xe đạp đường trường, xe đạp địa hình), Nhà thi đấu tỉnh Ninh Bình (karatedo), SVĐ Thiên Trường (bóng đá nam), SVĐ Cẩm Phả (bóng đá nữ), Nhà thi đấu TDTT Quảng Ninh (bóng chuyền)…
8 tháng trước khi khởi tranh SEA Games 31, Tổng cục TDTT đã yêu cầu các trung tâm huấn luyện thể thao Hà Nội, TPHCM, Đà Nẵng và Cần Thơ siết chặt kỷ luật đối với các đội tuyển đang tập huấn chuẩn bị cho đại hội khu vực, tổ chức thi đấu nội bộ đối với các môn đặc thù để chọn ra những tuyển thủ nổi bật phục vụ mục tiêu thành tích.
Hiện tại, Trung tâm Huấn luyện thể thao Hà Nội có 800 VĐV của 30 đội tuyển đang tập huấn. Trong vài tháng tới, quân số tại đây có thể hơn 1.000 VĐV khi các đội tuyển bổ sung nhân sự trước khi chọn lại lần cuối.
Trung tâm Huấn luyện thể thao TPHCM có 9 đội tuyển với hơn 100 tuyển thủ đang tập trung, trong khi Trung tâm Huấn luyện thể thao Đà Nẵng đang tiếp nhận tập trung VĐV ở 6 đội tuyển (điền kinh, quần vợt, bơi lội, canoeing, rowing và bơi lội người khuyết tật).