Ông Phan Tôn Lợi vốn là thành viên của gia đình bóng đá họ Phan nổi tiếng tại Bình Định với những danh thủ Phan Bá Diệp, Phan Kim Lân, Phan Quý Sơn, Phan Tôn Quyền. Sau này còn có thêm người cháu của ông cũng theo nghiệp quần đùi áo số là cố tiền đạo Phan Quý Hoàng Lâm, từng thi đấu cho Bình Định và Đồng Tâm Long An.
Với ông Phan Tôn Lợi, không chỉ thành danh ở đội bóng quê nhà Bình Định mà sau đó lên Pleiku gia nhập Ban huấn luyện HA.GL. Những năm cuối đời, ông ngược ra Bắc dẫn dắt đội hạng Nhất Phù Đổng Ninh Bình.
Thuộc tuýp HLV trầm tính, hiền lành và hết mình vì công việc, ông Phan Tôn Lợi đã nhận được nhiều tình cảm, sự quý mến của anh em đồng nghiệp. Hiểu rõ tài năng của ông, năm 2014, bầu Đức đã mời ông lên Pleiku tham gia vào ê-kíp ban huấn luyện phụ trách đào tạo trẻ của đội bóng phố Núi.
Cũng trong giai đoạn này, ông đã lập cột mốc lịch sử của giới cầm quân khi trở thành HLV Việt Nam đầu tiên dẫn dắt đội tuyển nước ngoài và giành huy chương. Đó là giai đoạn ông được bầu Đức biệt phái sang Lào dẫn dắt CL B Hoàng Anh Attapeu. Sau đó ông được LĐBĐ Lào mời dẫn dắt đội tuyển U19 Lào tham dự giải U19 Đông Nam Á 2015. Tại giải này, đội U19 Lào giành Huy chương Đồng khi thắng Malaysia ở trận tranh hạng ba. Đó cũng là tấm huy chương đầu tiên mà 1 đội tuyển Lào giành được ở đấu trường khu vực.
Nói về người đồng nghiệp, và cũng là đàn em của mình, HLV Dương Ngọc Hùng cho biết: “Với cá nhân tôi thì có rất nhiều kỷ niệm cùng với Phan Tôn Lợi, đó là một người hiền lành ở trên sân cỏ cũng như ngoài đời. Cũng chính điều đó mà cậu ấy luôn được nhiều anh em, đồng nghiệp quý mến. Thật buồn khi biết tin Lợi qua đời…”.
