Ở chặng hai, khi cách đích dưới 700m, một tai nạn hi hữu và cũng đáng tiếc đã xảy ra khiến nhiều tay đua bị chấn thương. Tai nạn bắt đầu từ việc vận động viên nước rút của Jumbo-Visma David Dekker đã mất lái khi vượt qua đoạn cắt với đường dành cho người đi bộ được làm cao như gờ giảm tốc. Dekker sau đó ngã lật ngửa khiến nhiều tay đua khác phiá sau va tiếp vào ngã theo. Ngoài David Dekker , chấn thương nặng nhất có thể là David Ballerini (Quick-Step Alpha Vinyl) và một tay đua Ag2r-Citroën vì đã đâm thẳng vào hàng rào.
Kết quả là 7 tay đua David Dekker (Jumbo-Visma), Jannick Steimle và David Ballerini (Quick-Step Alpha Vinyl), Damien Touzé và Clément Berthet (Ag2r Cïtroen), David González và Orluis Aular (Caja Rural-Seguros RGA) đã không thể xuất phát chặng 3.
Dekker ban đầu dường như chỉ bị xây xát, không gãy xương nhưng thực tế là anh đã bị nặng hơn chẩn đoán. Tổn thất nặng nhất là đội Quick-Step Alpha Vinyl khi tay đua Steimle bị gãy xương đòn và đã được chuyển đến Bỉ làm phẫu thuật. Trong khi đó, Damien Touzé của Ag2r-Cïtroen đã bay thẳng vào hàng rào bên đường và bị chấn động. Sau khi được cấp cứu tại Bệnh viện Đại học Burgos thì anh đã tỉnh táo trở lại nhưng phải khâu nhiều mũi ở cằm, đùi… Đồng đội của anh là Clément Berthet có nhẹ hơn nhưng cũng bị gãy ngón tay.
Từ tai nạn này một làn sóng tức giận và chỉ trích đã nhằm vào các chuyên gia tổ chức thi đấu của Liên đoàn xe đạp quốc tế và ban tổ chức cuộc đua Vuelta a Burgos vì để một mối nguy hiểm quá lớn trong phạm vi nước rút của VĐV.
Giám đốc thể thao Jens Zemke của đội Bora-Hansgrohe nói: “Vụ tai nạn cuối chặng 2 thực sự tồi tệ khiến cho một số tay đua không may bị thương nặng”. Trong khi đó, tay đua Iñigo Elosegui của Movistar cũng tỏ ra tức giận: “Đó là nỗi kinh hoàng thực sự. Chúng tôi đang ở một đoạn đường thắng hướng đến 500m cuối nên tốc độ rất cao. Cái gờ bất ngờ xuất hiện gây ra tai nạn kinh hoàng”.
Bình luận viên đua xe đạp Brian Smith “đá xéo” UCI: “Năm ngoái, UCI tuyên bố ‘không được có chướng ngại vật như đường hẹp, đảo giao thông và gờ giảm tốc trong km cuối cùng’. Nhưng tai nạn này cho thấy lộ trình đã trái với các quy định của UCI, vậy ai ký những điều này?"
