Tại bảng A, chiến thắng 2-0 của Becamex TPHCM trước T&T Nghệ An cũng không giúp họ ghi tên mình vào vòng trong, bên cạnh đó là chủ nhà Hải Phòng và Đồng Nai với những chiến thắng ở vòng bảng đã dắt nhau vào Tứ kết.
Bảng C, trận hoà 1-1 đáng tiếc của TPHCM trước Thanh Hóa đã khiến đại diện của TPHCM và Gia Lai chính thức chia tay giải, 2 tấm vé vào vòng trong gọi tên Thanh Hóa và Thể Công Viettel. Ở bảng D, không khó khăn cho 2 ứng cử viên mạnh là Sông Lam Nghệ An và Công An TPHCM cùng ghi tên mình vào vòng Tứ kết, Công An Hà Nội và LP Bank HAGL chính thức bị loại.
Như vậy, 8 cái tên được xác định qua loạt trận cuối cùng của vòng bảng VCK (U13) là: Chủ nhà Hải Phòng, HVBĐ Đồng Nai, CLB Bóng đá Hà Nội, Đồng Nai, Thanh Hóa, Thể Công Viettel, Sông Lam Nghệ An, Công An TPHCM.
Các trận tứ kết sẽ diễn ra toàn bộ trên sân vận động Lạch Tray vào ngày 9-7, với các cặp đấu như sau: HVBĐ Đồng Nai (Nhất A) – Thể Công Viettel (Nhì C), CLB Bóng đá Hà Nội (Nhất B) – Công An TPHCM (Nhì D), Thanh Hóa (Nhất C) – Chủ nhà Hải Phòng (Nhì A), Sông Lam Nghệ An (Nhất D) – Đồng Nai (Nhì B).