Tham dự vòng loại năm nay có 17 đội bóng đến từ các CLB bóng đá chuyên nghiệp, ngoài chuyên nghiệp, trung tâm đào tạo và trường năng khiếu trên cả nước, gồm: An Giang, Công an Hà Nội, Thanh Hóa, Đồng Nai, Hà Nội, Hà Nội Bulls, LPBank Hoàng Anh Gia Lai, Mê Kông Cần Thơ, PVF, PVF-CAND, SHB Đà Nẵng, Sông Lam Nghệ An, Tây Ninh, TPHCM, TC Viettel, Trẻ Phù Đổng và TTHL&TĐTT tỉnh Gia Lai.
So với năm ngoái, giải năm nay ít hơn 5 đội khi TPHCM chỉ cử 1 đại diện tham dự; cùng với đó là vắng những cái tên Đào Hà, Hoài Đức, Đồng Tháp, Vĩnh Long...
17 đội được chia thành 4 bảng đấu như sau:
Bảng A (do Trung tâm Viettel đăng cai tổ chức), gồm 4 đội: Hà Nội, Hà Nội Bulls, PVF và Thể Công Viettel.
Bảng B (PVF đăng cai tổ chức), gồm 5 đội: Công an Hà Nội, Thanh Hóa, Sông Lam Nghệ An, Trẻ Phù Đổng và PVF-CAND.
Bảng C (do LĐBĐ TPHCM đăng cai, thi đấu tại Trung tâm Thể thao Thành Long, gồm 4 đội: LPBank Hoàng Anh Gia Lai, SHB Đà Nẵng, TTHL&TĐTT tỉnh Gia Lai và TPHCM.
Bảng D (do Trung tâm Huấn luyện và Thi đấu TDTT Đồng Nai đăng cai tổ chức), gồm 4 đội: An Giang, Mê Kông Cần Thơ, Tây Ninh và Đồng Nai.
Tại Vòng loại, các đội thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm xếp hạng tại mỗi bảng. Kết thúc vòng đấu, 4 đội xếp Nhất bảng, 4 đội xếp Nhì bảng cùng 3 đội xếp Ba có thành tích tốt nhất sẽ giành quyền tham dự Vòng chung kết.
Vòng loại Giải bóng đá Vô địch U21 quốc gia 2026 sẽ diễn ra từ ngày 25-6 đến ngày 5-7-2026. Vòng chung kết dự kiến được tổ chức từ ngày 12-7 đến ngày 25-7-2026.
