Otamendi chia tay Valencia để gia nhập sân Etihad trong mùa hè 2015 với giá trị 28,5 triệu bảng, tuy nhiên, mùa giải đầu tiên trên đất Anh là một nỗi thất vọng. Cầu thủ 29 tuổi này ra sân 30 trận Premier League, nhưng phần lớn trong số đó là những sai sót, nhất là thời điểm anh chơi cạnh Eliaquim Mangala trong thời điểm đội trưởng Vincent Kompany chấn thương. Man.City chỉ kết thúc thứ 4 ở mùa giải đó, HLV Manuel Pellegrini phải ra đi và Otamendi gần như cũng phải nối bước rời Etihad trong tư thế của “một bản hợp đồng thảm họa”.
Pep Guardiola đến trong mùa hè 2016 và ông bất ngờ giữ lại Otamendi. Mặc dù vậy, tình hình cũng không thay đổi nhiều với cựu ngôi sao của Porto. Một lần nữa, Kompany phải “làm bạn” với chấn thương, và sự kết hợp giữa Otamendi cùng tân binh đắt giá John Stones cũng đi ngược sự kỳ vọng. 39 bàn thua khiến Man.City chỉ kết thúc giải ở vị trí thứ 3 Premier League, và tất nhiên, thông tin cầu thủ này Otamendi phải rời đi lại xuất hiện.
Nhưng, Pep lại giữ Otamendi và mùa giải này, anh đang cho thấy một hình ảnh hoàn toàn khác. Cầu thủ người Argentina là hậu vệ duy nhất của Man.City ra sân tất cả các trận đấu ở những mặt trận quan trọng nhất, 8 trận Premier League và 3 trận ở Champions League - đây cũng thành tích tương tự thủ thành Ederson, tiền vệ Fernandinho và 2 ngôi sao tấn công David Silva, Kevin De Bruyne. Góp công vào thành tích thắng 11 trong 12 trận bất bại ở mọi giải đấu mùa này, ngoài năng lực tấn công mạnh mẽ, thì còn là nhờ thành tích của hàng hậu vệ vốn được chỉ huy bởi Otamendi và John Stones. Man.City có 7 trận giữ sạch lưới và chỉ mới để thủng lưới 6 bàn.
Pep đánh giá: “Tôi thực sự ấn tượng về khả năng phòng ngự. Chúng ta luôn nói về hàng tấn công, nhưng theo tôi, John và Nico đều đã chơi tuyệt vời và có đóng góp rất quan trọng trong vài tháng qua. Tôi từng lo lắng về việc liệu có để Nico ra sân đối đầu Stoke City mới đây hay không, vì cậu ấy vừa trở lại từ tuyển Argentina, cậu ấy đã chơi rất nhiều trong điều kiện chịu áp lực phải vượt qua vòng loại World Cup, và phải di chuyển rất xa. Nhưng, tôi thật bất ngờ khi Nico khẳng định rất sẵn sàng. Cậu ấy là 1 trong số ít những cầu thủ mà tôi từng thấy, người có tinh thần mạnh mẽ và luôn đầy tự tin”.
“Nico từng trải qua những thời điểm khó khăn, nhưng tôi chưa bao giờ mất niềm tin vào cậu ấy”, Pep nói thêm. “Tôi ấn tượng với khả năng không chiến của cầu thủ này. Tôi cũng đánh giá rất cao về tinh thần ham muốn học hỏi của cậu ấy. Nico cũng là một cầu thủ đầy sự can đảm. Tôi thực sự ấn tượng với những gì cậu ấy đang thể hiện. Nico đang chơi với sự tự tin cao nhất và khẳng định là một phần rất quan trọng của đội ở mùa giải này”.