Quy định trên nhằm giúp các đội thoải mái hơn trong việc tính toán lực lượng khi diễn biến của dịch Covid-19 đang de dọa các các đội bóng cũng như giải đấu. Cụ thể, mỗi đội được phép thay thế tối đa 10 cầu thủ trong trường hợp có cầu thủ dính Covid-19 theo công thức 1-1.
Chẳng hạn, nếu đội A có 3 cầu thủ xét nghiệm dương tính với Covid-19 thì được thay thế bằng 3 cầu thủ khác. Những cầu thủ chấn thương không được thay thế. Những cầu thủ đã thay thế không được đăng ký thi đấu trở lại. Nguồn cầu thủ để thay thế có thể là từ danh sách sơ bộ 35 cầu thủ đã đăng ký với BTC trước đó hoặc những cầu thủ khác miễn đảm bảo đúng tiêu chuẩn đăng ký.
Những cầu thủ được đăng ký thay thế phải thông báo với BTC ít nhất 12 tiếng trước trận đấu sắp diễn ra. Các đội bóng có thể thay thế bất cứ thời điểm nào của giải đấu.
Trước đó, U23 Myanmar buộc phải bỏ giải sau khi phát hiện nhiều cầu thủ dương tính với Covid-19 dù đã sang Campuchia chuẩn bị cả tuần lễ. U23 Singapore cũng đối mặt với tình cảnh tương tự khi nhiều cầu thủ dính Covid-19. Đội bóng này chỉ còn 17 cầu thủ để đăng ký thi đấu trong trận gặp U23 Thái Lan vừa qua.