Lễ bốc thăm AFF Cup 2020 vốn đã được AFF lên kế hoạch tổ chức tại Singapore vào ngày 10-8-2021 với sự tham dự của đại diện các LĐBĐ thành viên và đại diện các đội tuyển tham dự giải. Tuy nhiên, kế hoạch này sau đó đã không thể được tiến hành do ảnh hưởng của dịch Covid-19, LĐBĐ Singapore đã thông báo hoãn.
Lần này, căn cứ tình hình thực tế của diễn biến dịch bệnh, AFF cũng quyết định lễ bốc thăm giải đấu lớn nhất khu vực Đông Nam Á sẽ diễn ra theo hình thức trực tuyến.
Để chuẩn bị cho lễ bốc thăm, AFF đã tiến hành chia nhóm hạt giống cho 10 đội tuyển tham dự giải. Theo đó, nhóm hạt giống số 1 gồm có Việt Nam (đương kim vô địch) và Thái Lan. Nhóm hạt giống số 2 gồm có Malaysia và Indonesia. Nhóm 3 gồm các đội tuyển Philippines, Myanmar. Nhóm 4 gồm các đội tuyển Singapore, Campuchia và nhóm 5 gồm các đội tuyển Lào, Timor Leste hoặc Brunei (đá play-off tranh vé vớt).
AFF Cup 2020 vốn nhiều lần bị hoãn do dịch Covid-19. Ban đầu dời sang tháng 5-2021, sau đó dự kiến tổ chức vào tháng 1/2022.