Chính thức trở lại với môi trường bóng đá chuyên nghiệp từ lượt về V-League 2008 sau án cấm thi đấu 3 năm khi “dính chàm” tại Bacolod ở SEA Games 2005, Huỳnh Quốc Anh cũng kịp để lại những dấu ấn đáng kể trong màu áo CLB Đà Nẵng, thậm chí đội tuyển Việt Nam.
Nhờ vào sự khéo léo, kỹ thuật và tốc độ của mình bên cánh trái, Quốc Anh đã giúp cho đội bóng sông Hàn vô địch V-League vào năm 2009, 2012 và Cúp quốc gia 2009, qua đó giúp chân sút này giành danh hiệu Quả bóng vàng Việt Nam 2012.
Với những gì đã thể hiện, Quốc Anh được HLV Phan Thanh Hùng ghi nhận và gọi trở lại tập trung trong màu áo ĐT Việt Nam chuẩn bị cho hành trình ở AFF Cup 2012. Đáp lại sự kỳ vọng của mọi người, Quốc Anh đã “cháy” hết mình trong màu áo ĐTQG như một lời chuộc lỗi với người hâm mộ cả nước. Quốc Anh với tài năng của mình đã trở thành một trụ cột cực kỳ quan trọng của đội tuyển Việt Nam.
Dù ĐT Việt Nam thất bại tại AFF Cup 2012 nhưng tài năng, cố gắng của nhiều tuyển thủ vẫn được ghi nhận, trong đó có Huỳnh Quốc Anh. Vì vậy, danh hiệu Quả bóng vàng năm đó là phần thưởng xứng đáng cho cầu thủ gốc Trà My.
Quốc Anh được giao nhiệm vụ dẫn dắt đội U17 Đà Nẵng Có lúc, nhiều người sẽ nghĩ rằng Quốc Anh sẽ chia tay đội bóng sông Hàn để tiếp tục được thi đấu trong màu áo Quảng Nam. Tuy nhiên, quyết định cuối cùng của anh là giải nghệ để bước vào công việc đào tạo trẻ.
Sau 4 năm “gõ đầu trẻ”, HLV Huỳnh Quốc Anh hiện đã có bằng B và vừa được Ban lãnh đạo đội Đà Nẵng giao nhiệm vụ dẫn dắt lứa U17 ở mùa giải 2020. Mục tiêu mà Quả bóng vàng 2012 là giúp U17 Đà Nẵng giành huy chương đồng tại VCK U17 quốc gia năm nay.
Từng đứng dậy sau khi vấp phải sai lầm, Quốc Anh luôn tâm niệm phải dạy dỗ học trò những điều đúng, thi đấu hết mình và cống hiến. Vì thế, triết lý bóng đá đẹp đã được anh áp dụng cho các học trò ở U17 Đà Nẵng. Ngoài công việc chính tại trung tâm đào tạo trẻ Đà Nẵng, Quốc Anh còn là giám đốc một trung tâm bóng đá cộng đồng có tiếng, cùng với đó là ông chủ của quán café Không tên.
Có cuộc sống và công việc ổn định, điều đó giúp HLV Quốc Anh yên tâm hơn trên con đường huấn luyện để tiến xa hơn trong tương lai.
