Ở mùa giải đầu tiên, Giải vô địch U16 quốc gia có 10 đội tham dự, được chia thành hai bảng. Bảng A gồm Công an Hà Nội, Thể Công Viettel, Hà Nội, PVF-CAND, SLNA và Hải Phòng. Bảng B có sự góp mặt của Ninh Bình, HAGL, Công an TPHCM và Becamex TPHCM.
Theo lịch, vòng loại diễn ra từ ngày 22-8 đến 29-11. Các đội thi đấu theo thể thức vòng tròn hai lượt, sân nhà - sân khách ở từng bảng. Sau khi vòng loại khép lại, 4 đội có thành tích tốt nhất sẽ giành quyền vào vòng chung kết. Vòng chung kết dự kiến được tổ chức trong tháng 12-2026 với 4 đội xuất sắc nhất. Các đội tiếp tục thi đấu vòng tròn một lượt để xác định thứ hạng và tìm ra nhà vô địch đầu tiên trong lịch sử giải đấu.
Theo kết quả bốc thăm, lượt trận mở màn diễn ra ngày 30-8 với nhiều cuộc đối đầu đáng chú ý. Tại bảng A, Hải Phòng gặp Thể Công Viettel, Công an Hà Nội chạm trán Hà Nội, còn PVF-CAND đối đầu SLNA. Ở bảng B, Công an TPHCM gặp Becamex TPHCM, trong khi Ninh Bình so tài với HAGL.
Sự ra đời của giải đấu được xem là bước tiến mới trong hệ thống thi đấu bóng đá trẻ Việt Nam, góp phần hoàn thiện lộ trình phát triển cầu thủ theo từng nhóm tuổi. Sân chơi này tạo thêm cơ hội để các cầu thủ trẻ thi đấu thường xuyên, tích lũy kinh nghiệm và từng bước thích nghi với môi trường bóng đá chuyên nghiệp.
Bên cạnh việc tìm ra nhà vô địch đầu tiên, giải đấu cũng được kỳ vọng trở thành nơi phát hiện những tài năng triển vọng, bổ sung nguồn lực cho các đội tuyển trẻ và bóng đá Việt Nam trong tương lai.
