Thời HLV Calisto, Huỳnh Quang Thanh là nhân tố quan trọng trong đội hình ĐT Việt Nam giành chức vô địch AFF Suzuki Cup 2008. Theo đó, Quang Thanh hợp cùng Phước Tứ, Như Thành và Việt Cường tạo nên bộ tứ phòng ngự “không thể xuyên thủng” trước khung thành thủ môn Dương Hồng Sơn. Đó vẫn được coi là hàng phòng ngự đỉnh cao mà bóng đá Việt Nam sản sinh ra được trong hơn 10 năm qua.
Sau 15 năm thi đấu đỉnh cao, trải qua các đội bóng từ Ngân hàng Đông Á, Becamex Bình Dương và kết thúc sự nghiệp tại Long An, Huỳnh Quang Thanh đánh dấu ngày chia tay nghiệp quần đùi áo số bằng bàn thắng gỡ hoà 1-1 cho Long An trong trận đấu với Bình Phước. Trận đấu kết thúc Giải hạng nhất 2018 vào ngày 05/10, 5 ngày trước sinh nhật thứ 35 của hậu vệ này.
Bên cạnh dấu ấn AFF Cup 2008, Huỳnh Quang Thanh còn được nhớ tới với bàn thắng mở tỷ số vào lưới đội tuyển UAE tại Asian Cup 2007, chiến thắng được coi là chấn động của ĐT Việt Nam vào thời điểm ấy. Trận thắng 2-0 ấy góp phần lớn vào việc giúp thầy trò HLV Alfred Riedl vượt qua vòng bảng Asian Cup lần đầu tiên trong lịch sử.
Không chỉ có những ngày tháng tươi đẹp, sự nghiệp của Quang Thanh cũng có những vết nhơ. Tại V-League 2017, Quang Thanh cùng thủ môn Minh Nhựt bị VFF cấm tham gia các hoạt động bóng đá chuyên nghiệp 18 tháng. Án phạt xuất phát trận TPHCM gặp Long An trên SVĐ Thống Nhất tại V-League 2017.
Hậu vệ Huỳnh Quang Thanh Sau đó, Quang Thanh rời xa sân cỏ 1 năm trước khi viết đơn xin giảm án lên VFF. Được giảm án sớm nửa năm và quyết định trở lại sân cỏ để giúp Long An thi đấu tại Giải hạng Nhất. Thế nhưng, với tiềm lực có hạn, Long An vẫn chưa có thành tích tốt để trở lại V-League từ năm 2019.
