Toàn giải có 29 trận, thi đấu theo thể thức loại trực tiếp một trận ở vòng loại, vòng 1/8 và tứ kết; riêng bán kết và chung kết các đội đá hai lượt đi – về.
Bên cạnh 13 đội hạng Nhất (trừ CLB Thái Nguyên không đăng ký tham dự theo quy định giải), Cúp Quốc gia 2026-2027 còn có sự tham dự của 14 đội V-League gồm: Bắc Ninh, Công an Hà Nội, Công an TPHCM, Thanh Hóa, Hà Nội, Hải Phòng, Hoàng Anh Gia Lai, Hà Tĩnh, Ninh Bình, SHB Đà Nẵng, Sông Lam Nghệ An, Thể Công – Viettel, Nam Định và Đồng Nai.
CLB đoạt Cúp Quốc gia nhận giải thưởng gồm cúp, huy chương vàng và tiền thưởng 2 tỷ đồng.
