Cụ thể, hai chặng đấu đường trường từ Nghệ An - Quảng Bình (chặng 5 ngày 28-10) và Quảng Bình - Huế (chặng 6 ngày 29-10) sẽ được thay đổi cho phù hợp với tình hình thực tế. Thay vì thi đấu chặng 5, ngày 28-10, các tay đua sẽ thi đấu nội dung đồng đội tính giờ tại thị xã Cửa Lò (Nghệ An). Sau chặng thi đấu này, đoàn đua sẽ di chuyển đến TP Huế. Sang ngày 29-10, các tay đua sẽ thi đấu chặng Huế - Hội An . Và chặng 7 của giải sẽ là chặng đua ski vòng quanh TP Tam Kỳ (Quảng Nam). Sau đó, đoàn đua sẽ trở lại với lộ trình dự kiến để về đích tại TP Quy Nhơn vào ngày 1-11.
Với sự điều chỉnh này, đây là lần đầu tiên Giải xe đạp VTV - Cúp Tôn Hoa Sen được áp dụng nội dung thi đấu Cá nhân tính giờ và Đồng đội tính giờ trong cùng một giải. Ngoài ra, giải năm nay gồm 2 nội dung thi đấu đua vòng quanh (ski) và 5 nội dung thi đấu đường trường (có 3 ngọn đèo)
Tổng cộng giải có 9 chặng đua, xuất phát từ thủ đô Hà Nội ngày 24/10 và kết thúc tại thành phố Quy Nhơn và 1/11/2020 với tổng lộ trình dự kiến 858 km. Đây là quãng đường đua khá phù hợp với các tay đua tại Việt Nam tại thời điểm hiện nay sau khi các đội đã tập trung vào 2 giải trẻ toàn quốc và Giải vô địch quốc gia mới vừa kết thúc.
Hy vọng lộ trình mới này sẽ tạo ra sự kịch tính, hấp dẫn hơn cho giải đấu, đặc biệt là sự công bằng hợp lý trong các hạng mục thi đấu sẽ diễn ra một giải đấu đáng được quan tâm và mong đợi của người hâm mộ xe đạp Việt Nam trong thời điểm này.
Chặng 1: Vòng quanh Hồ Hoàn Kiếm, Hà Nội (30 vòng x 1,7km) 51km
2/ Chủ Nhật,25/10/20
Chặng 2: Đua cá nhân tính giờ tại Tam Chúc, Hà Nam (12km)
3/ Thứ Hai, 26/10/20
Chặng 3: TP Phủ Lý - Ninh Bình - TP Sầm Sơn, Thanh Hóa (120km)
4/ Thứ Ba, 27/10/20
Chặng 4: Sầm Sơn (Thanh Hóa) – TP Vinh, Nghệ An (168km)
5/ Thứ Tư, 28/10/20
Chặng 5: Đua đồng đội tính giờ tại Quảng trường Bình Minh- Cửa Lò- Nghệ An (20km)
6/ Thứ Năm, 29/10/20
Chặng 6: TP.Huế - TP.Hội An (Quảng Nam), (130km)
7/ Thứ Sáu, 30/10/20
Chặng 7: Đua vòng quanh TP.Tam Kỳ, Quảng Nam (50km)
8/ Thứ Bảy, 31/10/20
Chặng 8: TP.Tam Kỳ - Quảng Ngãi (130km)
9/ Chủ Nhật, 01/11/20
Chặng 9: Quảng Ngãi - Bình Định (177km)