Vào cuối tháng 8, làng thể thao Đông Nam Á chấn động trước thông tin Joseph Schooling và đồng nghiệp nữ Amanda Lim bị phát hiện sử dụng cần sa trong thời gian thi đấu SEA Games 31 ở Việt Nam. Sự việc được Cục Phòng chống ma túy Singapore công bố và cả 2 kình ngư này sau đó đã thừa nhận hành vi của mình. Tiếp đó, một thành viên khác của tuyển bơi Singapore là Teong Tzen Wei cũng đã thừa nhận hành vi sử dụng ma túy sai trái của mình và có vẻ cùng thời điểm phạm lỗi với 2 VĐV kể trên.
Sau thời gian điều tra và xử lý, Hội đồng Olympic quốc gia Singapore (SNOC) công bố mức phạt với 3 kình ngư hàng đầu của nước này vì vi phạm quy tắc ứng xử của VĐV và lập trường của Singapore đối với ma túy. Cụ thể, Joseph Schooling bị phạt nộp số tiền 10.000 đô la Singapore (khoảng 180 triệu đồng), Amanda Lim bị phạt 2.800 đô la Singapore (khoảng 50 triệu đồng), còn Teong Tzen Wei bị phạt 3.200 đô la Singapore (khoảng 56 triệu đồng).
Trước đó, Schooling, Lim và Wei đã bị cơ quan có thẩm quyền điều tra, nhưng ở thời điểm điều tra, các mẫu nước tiểu của họ cho kết quả âm tính. Song cả 3 đã thừa nhận việc làm sai trái của mình, hợp tác trong quá trình điều tra nên bị SNOC kỷ luật. Ủy ban Thể thao Singapore cũng tạm thời cấm các hoạt động của cả 3 VĐV trong vòng ít nhất một tháng (bắt đầu từ ngày 1-10) và tạm dừng các hoạt động hỗ trợ đào tạo hoặc không được tiếp cận với các cơ sở, dịch vụ khoa học thể thao, y học thể thao.
Ngoài ra, cả 3 cũng bị cảnh cáo về hành vi của mình và sẽ phải nhận án phạt nặng hơn nếu tái phạm. Số tiền phạt thu được từ 3 VĐV trên sẽ được ủng hộ vào Quỹ Olympic Singapore, một tổ chức từ thiện hỗ trợ các VĐV và sự phát triển của thể thao ở Singapore.
Đối với Schooling, anh sử dụng chất cấm trong lúc được tạm dừng việc thực hiện nghĩa vụ quân sự để cùng đoàn thể thao Singapore dự tranh tại SEA Games 31 nên được bàn giao sang Bộ Quốc phòng Singapore, nơi quản lý anh trong thời gian tại ngũ. Theo thông báo từ cơ quan này, vì Joseph Schooling đã lạm dụng đặc quyền nên thời gian tới, nam kình ngư sẽ không được đặc phái đi thi đấu cho Ủy ban Thể thao Singapore.
