Lễ bốc thăm xếp lịch thi đấu vòng loại Giải U21 quốc gia 2023 được Liên đoàn Bóng đá Việt Nam (VFF) tổ chức vào chiều 25-8 tại Trụ sở VFF. Tổng cộng 22 đội tham dự được chia làm 4 bảng đấu. Các đội trong từng bảng thi đấu vòng tròn một lượt tại địa phương đăng cai, tính điểm xếp hạng. Ban tổ chức sẽ chọn ra 4 đội đứng đầu và 4 đội xếp thứ nhì ở mỗi bảng, cùng 2 đội đứng hạng ba có thành tích tốt nhất trong 4 bảng giành quyền đến với vòng chung kết.
Theo kết quả phân chia bảng đấu từ VFF, đương kim vô địch Hà Nội FC nằm ở bảng A, tổ chức tại Trung tâm đào tạo bóng đá trẻ PVF (Hưng Yên), với 5 đối thủ: Luxury Hạ Long, Phú Thọ, Trung tâm đào tạo bóng đá Đào Hà, Viettel và chủ nhà PVF-CAND. Trong đó, Viettel và PVF-CAND, hai trung tâm đào tạo bóng đá trẻ hàng đầu trong nước, được nhận diện là đối thủ cạnh tranh trực tiếp với Hà Nội FC cho 2.5 suất của bảng đấu này tham dự vòng chung kết.
Trong khi bảng B với sự góp mặt của đội chủ nhà HA.GL, Đà Nẵng, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Huế và Kon Tum. Bảng C do đội chủ nhà Đắk Lắk đăng cai cùng các vị khách đến từ Đồng Nai, Khánh Hòa, Tây Ninh và Vĩnh Phúc. Bảng D diễn ra ở TPHCM, gồm Cần Thơ, Đồng Tháp, Long An, Tiền Giang và CLB TPHCM.
Theo kế hoạch, các trận đấu thuộc vòng loại Giải U21 quốc gia 2023 tổ chức từ ngày 3 đến 13-9. Còn vòng chung kết Giải U21 quốc gia 2023 diễn ra ở 2 địa phương Nghệ An và Thanh Hóa, từ ngày 18-9 đến 1-10. Đồng nghĩa SLNA và Thanh Hóa là 2 đội đầu tiên đủ điều kiện tham dự với tư cách đội chủ nhà.