Theo nguyên tắc phân chia hạt giống, các câu lạc bộ tham gia sẽ được xếp hạt giống dựa trên số lượng câu lạc bộ được phân bổ cho các quốc gia và thứ hạng tại giải vô địch cấp câu lạc bộ AFC 2022. Câu lạc bộ tham gia từ hai quốc gia có thứ hạng cao nhất với hai Câu lạc bộ sẽ được xếp vào Nhóm 1, tiếp theo là hai quốc gia còn lại với hai câu lạc bộ được phân bổ, v.v.
Với thứ hạng của các câu lạc bộ Việt Nam tại mùa giải cấp câu lạc bộ AFC năm 2022, hai đại diện của Việt Nam gồm CLB Công An Hà Nội và CLB Đông Á Thanh Hóa được xếp vào nhóm hạt giống số 2 cùng PSM Makassar FC và Borneo FC Samarinda của Indonesia.
Trong khi đó, nhóm 1 gồm 4 câu lạc bộ: Buriram United và BG Pathum United FC; Kuala Lumpua City FC và Terengganu FC của Malaysia. Nhóm 3 gồm: CLB Kaya FC – Iioilo (Philippines) và CLB Lion City Sailor FC (Singapore), cùng hai đội thắng ở Vòng Play-Off.
Vòng Play-Off là cuộc cạnh tranh của 4 CLB gồm: Shan United FC (Myanmar), Svay Rieng FC (Campuchia), Young Elephant FC (Lào) và Kasuka FC (Brunei). 4 đội sẽ được bốc thăm chia cặp, thi đấu hai trận sân nhà và sân khách tính tổng điểm để xác định 2 đội giành vé tham dự Vòng đấu chính của Giải.
Vòng đấu chính của Giải gồm tổng cộng 12 CLB, trong đó có 10 CLB được vào thẳng thuộc các quốc gia Indonesia (2 đại diện), Malaysia (2 đại diện), Thái Lan (2 đại diện), Việt Nam (2 đại diện), Philippines (1 đại diện), Singapore (1 đại diện) và 2 CLB chiến thắng ở Vòng Play-off.
Tại giai đoạn vòng đấu bảng của Giải vô địch các CLB Đông Nam Á 2024-2025, 12 đội tham dự sẽ được chia vào hai bảng A và B, mỗi bảng gồm 6 đội. Quy trình bốc thăm sẽ bắt đầu với các câu lạc bộ thuộc nhóm 3 cho các vị trí A5, B5, A6 và B6 lần lượt tại hai bảng. Quá trình này tiếp tục được lặp lại với nhóm 2, mỗi câu lạc bộ trong số 4 câu lạc bộ sẽ lần lượt được xếp vào các vị trí A3, B3, A4 và B4.
Mùa giải 2024-2025 là lần đầu tiên cuộc cạnh tranh giữa các câu lạc bộ tại Đông Nam Á được tổ chức và hứa hẹn đem tới 40 trận đấu hấp dẫn cho người hâm mộ trong khu vực.
