Batistuta bắt đầu sự nghiệp vào năm 1988 tại CLB hạng nhất Newell's Old Boys của Argentina. Đến năm 1990 đầu quân cho CLB nổi tiếng Boca Juniors. Sau đó anh gia nhập đấu trường châu Âu, cụ thể là CLB ACF Fiorentina. Batistuta là tay săn bàn xuất sắc thứ 8 trong lịch sử giải đấu Serie A với 184 bàn 318 trận từ 1991 đến 2003. Ở cấp độ quốc gia, anh đã từng danh hiệu tay săn bàn xuất sắc nhất mọi thời đại của Argentina với 56 bàn trong 78 lần khoác áo đội tuyển và sau đó thành tích này được ngôi sao Lionel Messi vượt qua vào năm 2016.
Batistuta chưa bao giờ giành được danh hiệu Scudetto nào với Fiorentina và chỉ khi đầu quân cho AS Roma năm 2000, anh mới giành được chức vô địch Seria A đầu tiên và cũng là cuối cùng của mình. Batistuta chơi mùa giải cuối cùng tại Qatar cho CLB Al-Arabi trước khi giải nghệ năm 2005.
