Theo điều lệ giải, vòng loại sẽ diễn ra từ ngày 10-1 đến 2-2-2021 với thành phần thi đấu là các cầu thủ ở lứa 16 đến 18 tuổi. Vòng loại giải bóng đá Vô địch U19 nam Quốc gia 2021 gồm 28 đội sẽ chia làm 5 bảng. Các bảng đấu sẽ thi đấu theo thể thức vòng tròn 2 lượt đi và về để lựa chọn ra những cái tên ưu tú nhất góp mặt ở VCK U19 Quốc gia 2021 (dự kiến là 12 đội).
Theo kết quả lễ bốc thăm, đương kim vô địch PVF vào bảng A cùng với các đối thủ vốn được đánh giá cao là Viettel và Hà Nội, đây cũng là những lò đào tạo có thành tích tốt trong thời gian qua. Trong khi đó, SLNA sẽ nằm ở bảng B cùng với Kon Tum, Đà Nẵng, Thừa Thiên Huế và Học viện Nutifood. Ở bảng C, HAGL trong vai trò chủ nhà có nhiều cơ hội đi tiếp khi chỉ cùng bảng với Quảng Nam, TPHCM, Phú Yên, Bình Định và Đăk Lăk.
Kết quả bốc thăm vòng loại U19 Quốc gia 2021:
Bảng A: Viettel, Thanh Hoá, Nam Định, Hà Nội, PVF, CAND
Bảng B: Kon Tum, SHB Đà Nẵng, SLNA, Thừa Thiên Huế, Học viện Nutifood
Bảng C: HAGL, Quảng Nam, TP.HCM, Phú Yên, Bình Định, Đăk Lăk
Bảng D: Khánh Hoà, Bến Tre, B.Bình Dương, Sài Gòn, Đồng Nai
Bảng E: Bình Phước, An Giang, Cần Thơ, Đồng Tháp, Long An, Tiền Giang
Theo kế hoạch, các trận đấu tại vòng loại sẽ diễn ra từ ngày 10-1 đến 2-2-2021. Vòng chung kết được tổ chức từ ngày 24-3 đến 2-4-2021.