Ảnh hưởng của dịch Covid-19 buộc AFC phải hủy bỏ thể thức thi đấu sân khách, sân nhà ở ba trận đấu còn lại thuộc vòng bảng và các trận thuộc vòng đấu loại trực tiếp của AFC Cup 2020. Riêng bảng F, bảng G diễn ra từ ngày 23 đến 29-8 và Việt Nam là quốc gia đăng cai hai bảng đấu này.
Đây là hai bảng đấu có sự hiện diện của hai đại diện bóng đá Việt Nam là CLB TPHCM (bảng F) và Than Quảng Ninh (bảng G). Theo đó, ba trận đấu còn lại thuộc bảng F được tổ chức trên sân Thống Nhất (TPHCM) và bảng G diễn ra trên sân Cẩm Phả (Quảng Ninh).
Tất cả trận đấu còn lại thuộc vòng bảng diễn ra trên sân không có khán giả. Theo quy định của Chính phủ Việt Nam, những công dân từ nước ngoài nhập cảnh vào Việt Nam phải thực hiện cách ly 14 ngày.
Sau khi khép lại vòng bảng, các trận đấu thuộc vòng đấu loại trực tiếp AFC Cup 2020 chỉ diễn ra một lượt trận thay vì thi đấu theo thể thức lượt đi - lượt về như lịch ban hành trước đó.
Thời gian dự kiến tổ chức vòng bán kết, chung kết khu vực Đông Nam Á vào ngày 20, 21-10 và ngày 4-11. Vòng bán kết, chung kết liên khu vực vào ngày 24, 25-11 và ngày 2-12. Trận chung kết AFC Cup 2020 ấn định vào ngày 12-12 tại Tây Á.