CLB Sài Gòn để thua 0 - 1 trên sân của Viettel, tuy nhiên họ vẫn giữ ngôi đầu bảng với 23 điểm. Như vậy, Viettel tiếp tục nằm ở vị trí thứ hai với 22 điểm.
CLB TP Hồ Chí Minh và Than Quảng Ninh cùng 20 điểm, chia nhau vị trí thứ 3 và 4.
Quảng Nam tiếp tục nằm ở vị trí chót bảng với 9 điểm.
Bảng xếp hạng sau khi vòng 12 kết thúc
| TT | Đội | Trận | Thắng | Hòa | Bại | BT | BB | HS | Điểm |
| 1 | CLB Sài Gòn | 12 | 6 | 5 | 1 | 19 | 7 | 12 | 23 |
| 2 | Viettel | 12 | 6 | 4 | 2 | 20 | 13 | 7 | 22 |
| 3 | TP Hồ Chí Minh | 12 | 6 | 2 | 4 | 21 | 12 | 9 | 20 |
| 4 | Quảng Ninh | 12 | 6 | 2 | 4 | 17 | 16 | 1 | 20 |
| 5 | Hà Nội | 12 | 5 | 4 | 3 | 19 | 12 | 7 | 19 |
| 6 | Bình Dương | 12 | 4 | 5 | 3 | 15 | 11 | 4 | 17 |
| 7 | Hoàng Anh Gia Lai | 12 | 4 | 5 | 3 | 12 | 14 | -2 | 17 |
| 8 | SHB Đà Nẵng | 12 | 4 | 4 | 4 | 19 | 14 | 5 | 16 |
| 9 | Hồng Lĩnh Hà Tĩnh | 12 | 3 | 6 | 3 | 11 | 10 | 1 | 15 |
| 10 | Sông Lam Nghệ An | 12 | 4 | 3 | 5 | 9 | 13 | -4 | 15 |
| 11 | Thanh Hóa | 12 | 4 | 2 | 6 | 8 | 13 | -5 | 14 |
| 12 | Nam Định | 12 | 3 | 1 | 8 | 13 | 23 | -10 | 10 |
| 13 | Hải Phòng | 12 | 2 | 4 | 6 | 5 | 16 | -11 | 10 |
| 14 | Quảng Nam | 12 | 2 | 3 | 7 | 15 | 29 | -14 | 9 |
* Kết quả cụ thể vòng 12:
SHB Đà Nẵng - Hải Phòng: 1 - 0
Thanh Hóa - Hồng Lĩnh Hà Tĩnh: 1 - 2
CLB TP Hồ Chí Minh - Nam Định: 5 - 1
Quảng Nam - Hà Nội: 2 - 2
Sông Lam Nghệ An - Hoàng Anh Gia Lai: 2 - 0
Than Quảng Ninh - Bình Dương: 2 - 2
Viettel - CLB Sài Gòn: 1 - 0
Thanh Hóa - Hồng Lĩnh Hà Tĩnh: 1 - 2
CLB TP Hồ Chí Minh - Nam Định: 5 - 1
Quảng Nam - Hà Nội: 2 - 2
Sông Lam Nghệ An - Hoàng Anh Gia Lai: 2 - 0
Than Quảng Ninh - Bình Dương: 2 - 2
Viettel - CLB Sài Gòn: 1 - 0
* Lượt trận vòng 13 sẽ diễn ra cùng vào lúc 17 giờ ngày 1-10 tới.
