Song song với việc thông báo thành viên mới, VFF cũng chỉnh lại số đội tham dự ở vòng loại. Qua đó, nhằm đảm bảo chất lượng chuyên môn và tính hấp dẫn của giải, BTC tiếp tục áp dụng phương thức thi đấu chia làm 2 giai đoạn. Giai đoạn 1 (vòng loại) gồm 7 đội trong đó có 5 đội tham dự giải futsal Vô địch Quốc gia 2018: Kim Toàn Đà Nẵng, Sanna Khánh Hoà, Sanest Tourist Khánh Hoà, Thái Sơn Bắc, VietFootball và 2 đội lần đầu tham dự: Đà Nẵng, Quảng Nam.
Các đội sẽ thi đấu vòng tròn một lượt để tính điểm, xếp hạng, chọn 4 đội có thứ hạng cao nhất tham dự Giai đoạn 2 của giải.
Giai đoạn 2 gồm có 10 đội, trong đó có 6 đội có thứ hạng từ 1 đến 6 tại giải Futsal Vô địch Quốc gia 2018: Thái Sơn Nam, Sanatech Sanest Khánh Hoà, Hải Phương Nam Đại Học Gia Định, Sài Gòn FC, Cao Bằng, Tân Hiệp Hưng và 4 đội vượt qua Vòng loại. Các đội sẽ thi đấu vòng tròn hai lượt (lượt đi - lượt về) để tính điểm, xếp hạng chung cuộc.
Theo kế hoạch, giai đoạn I sẽ diễn ra từ ngày 2-4 đến 12-4-2019 tại Nhà thi đấu trường ĐH Nha Trang, Khánh Hòa. Giai đoạn II được tổ chức từ ngày 15-4 đến 6-5-2019 (Lượt đi) tại Nhà thi đấu trường ĐH Nha Trang, Khánh Hòa và từ ngày 29-8 đến 19-9-2019 (Lượt về) tại Nhà thi đấu Lãnh Binh Thăng, Q.11, TPHCM.
